Đốc đồng trấn Kinh Bắc Ngô Thì Nhậm có phải là người đồng tố giác việc mưu sự của phe Trịnh Khải hay không, vẫn còn là một nghi vấn trong sử Việt.

Kết tội Ngô Thì Nhậm, có Khâm định Việt sử thông giám cương mục. Sách này chép:

Trước khi Ngô (Thì) Nhậm tố cáo cơ mưu của Trịnh Khải, có đem bàn với cha là Ngô (Thì) Sĩ. Ngô (Thì) Sĩ cố sức ngăn... Đến khi hay tin Ngô (Thì) Nhậm đã tố cáo, Ngô (Thì) Sĩ buồn bực mà uống thuốc độc tự tử. Ngô (Thì) Nhậm, vì có công tố giác, được thăng làm Hữu Thị lang bộ Công, nhưng thiên hạ lúc ấy lại có câu rằng: "Sát tứ phụ nhi Thị lang", nghĩa là "giết bốn người cha mà làm Thị lang".[6]

Và sách Lê Quý dật sử:

... (Ngô Thì) Sĩ thấy con bè đảng xu phụ Tuyên Phi (Đặng Thị Huệ), vu khống Thế tử, ông bất bình, ra sức khuyên ngăn, nhưng (Ngô Thì) Nhậm không nghe, ông phẫn uất uống thuốc độc tự tử... (Sau vụ án) cất nhắc Ngô Thì Nhậm làm Công bộ tả thị lang, vì tố cáo Thế tử (Trịnh Khải) nên được ban thưởng, thăng vượt cấp bảy lần.[7]

Bênh vực ông, có Hoàng Lê nhất thống chí. Theo sách này thì chỉ có một mình Nguyễn Huy Bá đứng ra tố giác. Sách này còn kể ông Nhậm đã có lời khuyên Nguyễn Khắc Tuân phải hỏa tốc về kinh can ngăn Trịnh Khải dừng lại cơ mưu, nhưng không được nghe. Đến khi ông Tuân bị bắt giam, ông Nhậm định tìm cách gỡ tội, nhưng vì việc tang nên phải về.[8]

Tuy nhiên người đương thời là Phạm Đình Hổ cho rằng Ngô Thì Chí khi viết Hoàng Lê nhất thống chí đã che đậy cho Ngô Thì Nhậm:

Năm Canh Tý phát ra cái án của Thế tử là do Ngô Thì Nhậm. Ông Thì Nhậm nhờ công ấy được thăng làm Công bộ thị lang. Người thời bấy giờ có câu: "Giết bốn cha mà được thị lang, trung cần chí hiếu". Cái lỗi của Thì Nhậm, dư luận không dung thứ. Khi em là ông Thì Chí vào làm Thiêm tri hình phiên, có soạn bộ sách Nhất thống chí; chép về cái mật án ấy, cũng có che đậy đi ít nhiều. Nhưng về những việc trong cung phủ thì chép được tường lắm, không nên nhất nhất đều chê cả.[9]

Năm Nhâm Dần (1782), quân ưu binh giết Hoàng Đình Bảo, bỏ Trịnh Cán và Đặng Thị Huệ, lập Trịnh Khải lên làm chúa. Bị cho là người có liên quan đến vụ án Canh Tý, Ngô Thì Nhậm phải trốn về quê vợ ở Bách Tính, Nam Định[10] (Nay là Bách Tính, Nam Hồng, Nam Trực, Nam Định) lánh nạn, rồi theo giúp nhà Tây Sơn. Chính vì vậy, có người cho rằng sử nhà Nguyễn và Lê Quý dật sử đều có cái nhìn không mấy thiện cảm về ông; còn sách Hoàng Lê nhất thống chí, các tác giả đều là người cùng họ Ngô Thì, nên có thể có thiên vị. Vì thế để sáng tỏ vấn đề này cần phải tra cứu thêm.